Il MAUS è stato realizzato per ospitare e valorizzare le collezioni raccolte dal Gruppo Naturalisti Salentini, che operò dal 1982 al 1996 per promuovere la realizzazione a Lecce di un Museo delle Scienze. Successivamente, i fondi del Progetto Coordinato Catania-Lecce consentirono la costruzione dell’attuale edificio e la realizzazione delle strutture espositive, ultimate nel 2002. Sfortunatamente, a causa di disfunzioni strutturali, il MAUS ha potuto essere frequentato solo su prenotazione fino al 2006. Purtroppo, nel 2007, l’aggravarsi della situazione ne ha imposto la definitiva chiusura al pubblico, su disposizione dell'Ufficio Tecnico. In questo periodo, nonostante la difficile situazione e il congedo per sopraggiunti limiti di età dei primi responsabili scientifici (prof. Angelo Varola nel 2007 e prof. Livio Ruggiero, primo direttore del Museo, nel 2010), l'attività del MAUS non è mai cessata, ma ha continuato con la cura delle collezioni, il loro ulteriore incremento, e incontri con il pubblico attraverso mostre e conferenze. La struttura è passata, dal dicembre 2009, sotto la direzione amministrativa del Dipartimento di Scienze e Tecnologie Biologiche e Ambientali (DiSTeBA) e le attività di ricerca e promozione scientifica sono proseguite con la direzione del prof. Genuario Belmonte e del Prof. Piero Lionello (attuale direttore). I problemi strutturali sono stati recentemente risolti e il MAUS è nuovamente aperto al pubblico.